架空戰國時代的日本被未知生命體“鬼神”統治已有150年，唯有“武士團”反抗其統治，一直不懈抗爭。武藏和小次郎也曾向往著武士，發誓有朝一日結成最強的武士團。可是，他們所生活的城鎮卻將鬼神奉為神明，將武士視為異端。武藏只能將夢想藏在心中，直到有一天，他遭遇了人類被鬼殘忍殺害的一幕。為了重拾與小次郎的誓言，武藏向強大的鬼發起了挑戰…！
